Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z dnia 28 stycznia 2021 r., sygn. I FSK 1703/20 wskazał, że obowiązki prawno-podatkowe wynikające z działu III rozdziału 11a Ordynacji podatkowej, tj. związane z tzw. obowiązkiem raportowania schematów podatkowych, objęte są zakresem postępowania interpretacyjnego na podstawie art. 14b i nast. Ordynacji podatkowej. Oznacza to, że zapytania o MDR-y mogą być przedmiotem interpretacji indywidualnej, czemu fiskus od początku ich wprowadzenia ostro zaprzeczał.
W związku z tym, że przepisy dot. schematów podatkowych rodziły wiele wątpliwości, podatnicy bowiem zaczęli występować z wnioskami o wydanie interpretacji indywidualnych. Jednak, Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej odmawiał wydawania interpretacji w zakresie MDR, tłumacząc to tym, że przepisy dot. schematów podatkowych należą do przepisów procesowych, które nie mogą być przedmiotem interpretacji indywidualnych.
W przedmiotowej sprawie, Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej odmówił wydanie interpretacji indywidualnej, powołując się na wskazaną powyżej argumentację. Sprawa została zaskarżona do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie, który wyrokiem z dnia 28 maja 2020 r. potwierdził stanowisko organu i uznał, że przepisy o raportowaniu MDR nie mogą być objęte przedmiotem interpretacji indywidualnej, w związku z tym, że należą one do przepisów procesowych.
Naczelny Sąd Administracyjny uchylił wyrok WSA oraz odmowę wydania interpretacji przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej i wskazał, że schematy podatkowe mogą być przedmiotem interpretacji indywidualnych.
Naczelny Sąd Administracyjny w uzasadnieniu wyroku wskazuje, że przepisy działu III rozdziału 11a Ordynacji podatkowej nie mają jednolitego charakteru. Jest to niejednorodny zbiór norm prawnych, wśród których można wskazać zarówno przepisy materialne, jak i procesowe, w tym takie, które objęte są wspomnianym katalogiem wyłączeń z art. 14b § 2a Ordynacji podatkowej, w szczególności „regulujące właściwość, uprawnienia i obowiązki organów podatkowych”. Niemniej w zakresie objętym pytaniem interpretacyjnym spółki, tj. zwłaszcza w odniesieniu do obowiązku złożenia informacji o schemacie podatkowym, przepisy te należy uznać za regulacje materialnoprawne, podlegające interpretacji przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej.
Po pierwsze, przepisy te konstytuują określone obowiązki o charakterze analitycznym (zwłaszcza art. 86f § 1 pkt 4-8 Ordynacji podatkowej) i informacyjnym (art. 86b do art. 86e wskazanej ustawy), pełniąc w istocie funkcję zbliżoną do informacji składanych w formie zeznań i deklaracji podatkowych. Pozwalają bowiem określić w sposób prawidłowy elementy stosunku prawnopodatkowego, w tym zwłaszcza takie jak powstanie obowiązku podatkowego oraz zobowiązania podatkowego, a także wysokość podstawy opodatkowania. W konsekwencji, z uwagi na wspomniane ratio legis, przepisy te niejako współtworzą regulacje zawarte w szczególności w materialnych ustawach podatkowych, które już bezpośrednio wyznaczają treść i zakres obowiązków podatkowych w rozumieniu art. 3 pkt 2 Ordynacji podatkowej. Są wprawdzie względem nich regulacjami drugiego stopnia, tj. meta-regulacjami, które pozwalają zwłaszcza na wybór między poszczególnymi wariantami opodatkowania wynikającymi z przepisów podatkowych, co nie zmienia tego, że ich stosowanie wpływa na treść i zakres materialnego stosunku prawnopodatkowego (argumentum a rerum natura).
Są to tzw. instrumentalne powinności podatkowe, które służą prawidłowemu wykonaniu zobowiązania podatkowego. Nie powinno budzić wątpliwości, że obowiązki tego typu wyrażane są przez regulacje materialnoprawne, czemu prawodawca daje wyraz nie tylko w ramach Ordynacji podatkowej (por. rozdział 11 działu III), ale i w ustawach regulujących konkretny podatek (vide np. art. 99 ustawy o podatku od towarów i usług, art. 45 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, art. 26a ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, etc.).
Poza tym, Naczelny Sąd Administracyjny wskazuje, że zamieszczenie regulacji dotyczących raportowania schematów podatkowych w dziale III Ordynacji podatkowej (rozdział 11a), poświęconym zobowiązaniom podatkowym, tj. tym który ma charakter konstytucyjny z perspektywy systemu prawa podatkowego, odnosi się do ogólnych zagadnień materialnego prawa podatkowego, wiążących się zwłaszcza z powstawaniem, regulowaniem, wygasaniem zobowiązań podatkowych oraz odpowiedzialnością podatkową za owe zobowiązania. Za takim stanowiskiem Sądu przemawiają także argumenty natury językowej, celowościowej i systemowej, przywołane przez stronę skarżącą, tj. brak wyraźnego wykluczenia możliwości wydania interpretacji indywidualnej w zakresie obowiązków dotyczących raportowania schematów podatkowych (co wynika bezpośrednio z brzmienia art. 14b § 2a Ordynacji podatkowej) oraz obwarowanie wskazanego obowiązku sankcją karną (por. art. 80f Kodeksu karnego skarbowego).